Bueno, yo creo que la buena programación está en el camino de separar el contenido de la presentación. Usando capas se adelanta un escalón en este proceso, comparado con el uso de tablas, ya que con las tablas aún se obliga a tener el contenido sin separarlo de la estructura. Además con las tablas implementas un diseño tabular, mientras que con las capas puedes hacer un diseño jerárquico, en árbol.
El ejemplo máximo de esta forma de programar es XML. Pero bueno, cada uno es libre de usar el método que quiera.
Yo concretamente estoy usando ahora capas para los bloques principales (lo que antes se hacía con frames) y otros sub-bloques, pero para sub-bloques pequeños dentro de los principales sigo usando tablas.
De todas formas en el futuro yo creo que se va a potenciar más aún el diseño jerárquico y a abandonar el diseño tabular (excepto para tablas cartesianas, o sea, las originales).