Hola buenas, para empezar yo le diria que la mejor forma de cambiar un sistema operativo es realizando una instalación limpia que quiere decir, empezar de cero, FORMATEAR el disco duro.
Si en la Bios tienes cambiado la opción de arranque desde CD en lugar de la disquetera, prueba instalar el windows 2000 perfectamente y cuando llegue a la opción de formatear pues eliges FAT32 o NTFS, yo lo tengo como NTFS pues me va muy bien.
En el caso de que en la Bios no tengas cambiado el arranque por el CDROM y te arranque la disquetera, tendrías que instalar el windows 2000 con los discos de arranque que son cuatro, y solo tienes que seguir lo que te va diciendo la instalación.
En el caso que no tengas los disquetes de arranque yo te lo podría enviar por correos, mi direccion es:
[email protected]
Suerte.