Hola
Los ejecutables de Mac y Pc no son los mismos, el archivo que generas para Mac es un ".hqx", y para Pc es ".exe", para eso desde Flash usas la configuración de publicación, yo lo uso en inglés :
File > Publish Settings > Formats
En el fondo debes generar dos archivos, uno para cada plataforma, la interfase es muy cómoda porque puedes seleccionar ambas opciones y definir enseguida el nombre de cada archivo y la carpeta de destino.
Saludos