Bueno, yo utilizaba capas porque tengo entendido que las tablas están en desuso frente a las capas, ya que las tablas tienen una estructura más rígida y has de escribir el contenido justo donde tiene que aparecer, mientras que las capas puedes escribirlas donde te dé la gana en el documento, que con CSS ya las vas situando, aparte de que el documento se te queda limpio de tantos TR's y TD's anidados, lo que facilita la legibilidad.
Bueno, esa es mi opinión.