ventajas de usar capas en vez de tablas?

[Rafael]

Se debe pensar en términos más globales.

En general en las páginas ubicas cosas muy concretas, el menú, el contenido, un encabezado...

Esos son los divs, y los pones abajo o a un lado, no "volando" uno encima de otro tapándole un pedazo.

Eso es lo que hace el Z-Index y el Position absolute.

Sí los usas, pero con moderación, no para toooooodo, cuando puedes poner algo junto a otra cosa y ya.