A mí me ha pasado algo parecido con
http://www.carloscapote.com. He subido una nueva versión de la página y Google tardó bastante en indexarla, no obstante, cuando lo hizo, no eliminó la caché de la versión antigua (sigue apareciendo) y sólo indexó la página principal.
Lo peor es que acabo de hacer una prueba (site:carloscapote.com) y en este preciso momento sólo aparecen las páginas de la versión antigua... ¿Por qué habrá eliminado Google el enlace actualizado a mi página principal?... ¿Me habrán baneado?... (No he hecho nada raro como para que me baneen)... ¿Es normal que durante el proceso Google te elimine "a ratos"?...
Gracias y saludos