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Eso suele pasar con los servidores, cuando hay muchas imagenes que cargar a la vez. Te asignan una capacidad de proceso, y si la sobrepasas, ahi tienes los resultados.
Intenta hacer una escritura a intervalos:
for(n=0;n<array.length;n++)
{
setTimeOut('capa+=array[n]'),
10)
}
10 o lo que permita.
O si no, precarga en el onload las capas en oculto y luego recoloca la capa adecuada o transfieres contenidos.
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