"la mejor forma de acceder" no existe, hay multitud de opciones según lo que quieras hacer y los requerimientos de la aplicación, tanto de instalación, de mantenimiento, requisitos de la aplicación...
Lo más recomendable sería empezar por alguna guía básica de programación distribuida, por que lo que te falta no es sólo de Java sino los conceptos básicos de programar aplicaciones accesibles desde máquinas remotas.
Alguna guía como esta:
http://www.puntoedu.edu.ar/comunidad...da_en_java.pdf
o similares