Si no pretendes depurar mucho la información (que un mismo usuario no haga clic dos veces, etc..) este código te contará los clics:
Código PHP:
$sSQL="UPDATE tabla Set clics=clics+1 WHERE idbaner='$idbaner'";
mysql_db_query("labasededatos",$sSQL);
Necesitas que en una tabla haya un campo llamado clics y un identificador único para cada baner.
Suerte