hola.... segun yo tienes que compilar el archivo p.ej.
javac miprograma.java
para que te genere el archivo .class y esse mandarlo allamar desde el HTML:
<html>
<head>
<title>mi programa</title>
</head>
<body>
<applet
code=miprograma
width=400
height=400>
</applet>
</body>
</html>
si te das cuenta en la parte de code= es el nombre del archivo .class sin la extencion...
encaso de que este dentro de carpetas el archivo .class lo indicas en code= con un "." por cada carpeta p.ej...
en c:\...\webapp\ esta el archivo html y en
c:\...\webapp\class\prog\ esta el archivo .class..
entonces lo mandarias a llamar desde el HTML de la sig forma::
code= class.prog.miprograma
espero qte sirva dealgo....
saludos
....rahd