.- J2EE es un conjunto de especificaciones, así que no es un producto con el que hagas tus programas y luego tengas una licencia de uso.
.- No se que entiendes por "hacer una aplicacion J2EE" y que la accedan desde el cliente... la aplicacion la haces con servlets/JSPs o similares y la acceden desde el navegador, o haces una aplicación cliente y otra servidor y se comunican de alguna forma, hay varias opciones. Decir "aplicación J2EE" y decir "aplicación seria hecha en Java" es practicamente lo mismo, no da más información.
.- En cuanto a licencias, como ya te he hemos dicho J2EE sólo es una especificación así que no obliga a nada, són los productos (las implementaciones) que uses los que tendran su precio y sus licencias. Pero por la parte de ser Java, una aplicación en Java no cuesta nada distribuirla ni hay que pagarle nada a Sun por ello (eso sí, no le pongas Java en el nombre
).