yo tengo exactamente la misma duda, pero no entiendo la respuesta que dio yoltik, en mi caso los checkbox los agrego al datagrid desde el tab
<columns>
<asp:template columns>
<itemtemplate>
<asp:checkbox>
por solo poner las tabs de cabecera, y aparte atravez de un datasource lleno una columna con los nombres que deseo marcar (leidos de una tabla en sqlserver) y me aparece muy bien el datagrid como lo quiero, y mi duda es la misma, como le hago para manipular los checkbox que se generan, yo lo que quiero es mandarlos a otra ventana del sitio web, en donde un control de tipo listbox esta esperando llenarse con los elementos que seleccione en la pantalla anterior. espero me puedan ayudar ya que eso me esta atrazando muchisimo en un proyecto.