Efectivamente es un problema relacionado a la geometría del disco duro (cilindros, cabezas, sectores).
Checa primero que el bios del cpu lo esté detectando correctamente, y a continuación utliza un programa para diagnosticar superficies de disco que no sea chkdsk de Xp ni scandisk de windows me.
El más común es Norton Disk Doctor. Es probable que por la correción se pierda lo almacenado en la partición de Linux, pero al menos, podrás recuperar ese espacio para volver a crearla, no es daño físico, sino lógico.
Aunque es probable que alguien más tenga para tí unas ideas diferentes.
Bye...
