bueno es cuestion de JS y no de PHP. estas son mis recomendaciones:
como primer punto abre el "Javascript console" de firefox y asi veras exactamente donde estan los errores y a partir de ayi postearias los detalles mas concretamente.
con lo que posteaste estos son mis consejos:
intenta obtener Formulatio_01 de la misma forma que miTabla, para esto debes hacerlo condicionado es decir:
Código PHP:
<script>
formulario=window.opener.document.getElementById('Formulario_01');
//y lo demas seria asi
formulario.Caja086.value = (miTabla.rows[i02].cells[2].innerHTML);
</script>
como punto a destacar en firefox no existe innerText solo innerHTML, lo cual te puede traer problemas, como recomendacion, cuando asignarle una propiadad personalizada a tus celdas donde almacenas el valor real, y el innerHTML no lo tocarias ejem: si generas tus <td> con PHP generalos con una propiedad mas:
<td valorReal="valor">texto</td>
y cuando los quieres accesar ejem:
Código PHP:
formulario.Caja086.value = (miTabla.rows[i02].cells[2].getAttribute("valorReal",2));
con esto te aseguras que funcione en los dos IE y Firefox, habran muchas otras incompatibilidades en tu script con respecto al JS asi que esta atento al Javascript Console para saber donde ubicarlas.