Yo uso para administrar mi sitio y editar mi código JSP, "DreamWeaver MX" pudes descargar una versión de prueba de
www.macromedia.com.
Una vez instalado el tomcat, encontrarás una carpeta llamada "webapps"... dentro de ella ubicaras tu aplicación web, harás la estructura de carpetas y de archivos del sitio.
Tienes que asegurarte de conservar dentro de la carpeta de tu aplicación una carpeta llamada "WEB-INF" y dentro de ella una carpeta llamada "lib" y otra llamada "classes". Dentro de la carpeta "lib" debes ubicar el driver de MySQL, que puedes descargar de
www.mysql.com. el .zip que descargues trae por dentro un readme que te dirá todo lo que debes saber para poder conectarte a una BD MySQL.
Y en la carpeta "classes" debes ubicar las clases ya compiladas que vas a usar, es decir los .class. Te advierto que cada vez que modifiques un .class debes reiniciar el tomcat.
suerte,
KonstrictorMan