Cita: ¿No crees que será más sencillo meter los archivos .pdf en un BD Mysql y acceder a ellos a través de una página restringida con sesiones?
Gestionarlo desde una BD como Mysql también plantea sus problemas .. tal vez no de acceso y restricciones de PHP .. pero si de rendimiento del sistema, tamaño de tus archivos .. cantidad de ellos.
Sería cosa de que lo pruebes en tu caso particular .. pero almacenar archivos de varios MBytes en Mysql y gestionarlos desde ahí se puede volver contraproducente.
Un saludo,