Efectivamente, las cookies se rigen desde el grado de dominio de donde fueron creadas, sin embargo tu le puedes indicar el dominio de donde ser leidas, te dejo un link y la sintaxis de las cookies:
setcookie ( string nombre [, string valor [, int expirar [, string ruta [, string dominio [, bool segura]]]]] )
http://es2.php.net/manual/es/function.setcookie.php