Buneo, al parecer usaste el cd de instalación directamente desde el SO, la reparación la debiste haber hecho booteando con el cd al prender la máquina y así hubieras conservado todos tus programas, al usar la instalación limpia, borraste todos esos programas.
De todas maneras, si ya se acabaron tus problemas pues perfecto
ólo recuerda mantener tus soft de seguridad siempre actualizados y haz scaneos regulares a tu SO
Salu2