Para comenzar yo recomendaria empezar por lo básico, con el JDK, un editor de texto simple, el API (lo que se conoce como javadocs) y el tutorial de Sun (
http://java.sun.com/tutorial). Más que nada por que si no confundirás aprender como funciona el Eclipse con aprender Java, y es mejor ir paso a paso.
Como JDK para iniciados yo recomendaria más el JDK1.4 que el 1.5, pero vamos, nada grave.