Hola ..
por supuesto que puedes relacionarlos .... entre dos tablas pueden existir mas de una relacion en este caso
entre la tabla persona y la tabla pises existirian 2 relaciones
una podria llamarse pais de nacimiento
y la otra podria ser pais de residencia
no importa que los codigos de residencia y nacimiento sean distintos pues al final cada relacion actua por su lado
espero haber ayudado