Si es con access se puede hacer igual la subconsulta:
Código:
tabla.open "Select * from Tabla1 where ID not in (select ID from BD.dbo.Tabla2)", ...
while not tabla.eof
--insert--
tabla.next
wend
o mejor aún, si fuera sql-server, llamar a un SP que haga o mismo con un cursor (aunque alguien me dijo una vez que no se deben usar cursores, pero bah, ¿que sabe ese experto 5 estrellas sql-server de microsoft?, jeje)