Los discos tienen una temperatura de operación que varía de acuerdo a fabricantes y modelos. En la hoja técnica de tu modelo (la consigues en su sitio web) encontrarás el dato.
Luego lee que temperatura tiene el disco, eso lo haces con programas como HDD Temperature o el mismo MBM, si el valor sobrepasa lo especificado por la hoja entonces tienes un problema, si no, entonces puedes intentar con un ventilador para tranquilizarte.
http://cheapbooks.com/bracket/bracket.html