Pues, lo recomendable sería intentar un formato a bajo nivel:
"format unidad /u" <=sin comillas y en donde dice "unidad", va obviamente la unidad q vas a formatear, ejemplo:
format c: /u
Otra opción es la q viene en esta página, y de paso te explica de manera sencilla lo q es el formato a bajo nivel:
http://www.qsl.net/cx1ddr/lowlevel/fbnivel.htm 