Hola,
Aquí tienes un trozo de código para que puedas generar reportes desde Java y lo conviertas en PDF, directamente con el iText, sin necesidad de usar FOP ni XML.  
Código:
 import java.io.*;
import com.lowagie.text.*;
import com.lowagie.text.pdf.PdfWriter;
public class CreaPdf {
   public static void main (String [] args) throws FileNotFoundException, DocumentException, IOException {
     Document d = new Document (PageSize.A4);
     FileOutputStream os = new FileOutputStream("/var/sample.pdf");
     PdfWriter.getInstance (d, os);
     d.open ();
     Paragraph p = new Paragraph ("Hola Este es una prueba de que se puede generar reportes desde Java en PDF");
     d.add (p);
     d.close ();
     os.close();
   }
}
  Saludos