Otra opción es utilizar PHP para mostrar todos los archivos, directorios y subdirectorios de tu sitio o de una parte de tu sitio.
Para más información pregunta en el foro de PHP o entra a
www.php.net/readdir (no te olvides de los comentarios de la gente, aunque estan en ingles son muy interesantes y suelen ayudar bastante).
Saludos,