Hola amigos, ya encontre la solución y era mas facil de lo que os podeis imaginar.
Tenemos un archivo .js con la siguiente funcion:
function mifuncion () {
mivariable = "<p>Hola</p>";
document.write (mivariable);
}
Este archivo lo incluiamos en una pagina html y para obtener el html correspondiente a la variable solo tenemos que hacer lo siguiente:
<script src=archivo.js></script>
<script language="Javascript">
variable2 = mivariable;
document.write (variable2);
</script>
La razón por la que podemos hacerlo asi viene dado por la declaración de las variables.
Si declaramos una variable con var estamos diciendole que esa variable es local, es decir, solo se ejecuta dentro de la funcion o parte de codigo en la que se encuentra. Sin embargo al declararla sin var estamos creando una variable global, accesible desde cualquier parte del documento.
Gracias a todos los que me habeis ayudado escribiendo posibles soluciones, al resto de personas aqui os dejo la solución que seguro que alguna vez os puede servir.
Un saludo.