JavaScript es un lenguaje que debe ser entregado para que el navegador lo interprete, lo mismo que con HTML, CSS y demás...
Si entiendes eso verás que solo debes imprimir el el valor que quieras en el lugar que corresponde según la sintaxis de JavaScript, HTML, CSS ó lo que sea; simple.
Código PHP:
<?php
$js= "Hola";
?>
<script> alert('<?=$js ?>') </script>
