Hola:
Para usar ese tipo de enlaces tienes que cancelarlo con return false, ya que al ejecutar el enlace "#" la página se refresca y se olvida...
creo mejor poner el destino en el href del enlace con un target al popup y abrir la ventana en blanco...
... pero
$_SESSION['usuario'];
no tendría que tener un valor...
if ($_SESSION['usuario'] == 'algo')...;
Ejemplo
<a href="<?php if ($_SESSION['usuario'] == 'algo') echo 'privado.php'; else echo 'registro.php'; ?>" target="popup" onclick="window.open('', 'popup', '')"
>
Saludos
