Debes instalar soporte ODBC en ese servidor (AS400) y en el que corra PHP la extensión ODBC.
¿ Es el mismo servidor (el AS400) el que corre PHP+Mysql+tu aplicación que debes acceder por ODBC?
Consulta en los foros de Linux por la instalación del soporte ODBC y por la instalación de la extenxión para PHP (
www.php.net/odbc tienes información). En principio si usas Linux Red Had .. con el comando "yum" podrías hacerlo o con sus RPM's respectivos ..
Un saludo,