La directiva open_base_dir .. lo que define es desde donde PHP vía funciones como file() .. readfile() .. etc puede tomar archivos del sistema de archivos de ese servidor. Lo normal es que apunte a tu Document_root o una rama superior a este (pero en la misma rama).
También tienes la directiva include_dir (php.ini) para indicar que directorios aceptaras para hacer un include() (normalmente uno indica ahí: . (desde donde se llame) y algún otro.
Ese sería el funcionamiento de dicha directiva ..
Cita: ¿es posible hacerle referencia desde otro servidor o desde un archivo local?
Cuando dices "otro servidor" .. no sé a que te refieres .. supongo que a una llamada por HTTP tipo:
http:/www.tuservidor.tal/algun_directorio ..
Si es eso .., ese tipo de referencias desde otro servidor por HTTP sólo pueden hacer referencia a todo lo que quede bajo "Document_root" que defines en tuservidor.tal
El tema de "archivo local" .. no sé tampoco a que te refieres. Un "archivo" no hace referencia a nada .. en tal caso un script, un ejecutable .. etc puede tomar un archivo. De todas formas, ya te he comentado que "open_base_dir" o "include_dir" es una configuración de PHP que determina "donde" PHP puede tomar un archivo.
Para definir permisos de acceso de "Archivos" (ejecutables o no) para eso tienes a tu sistema operativo para tal fin (no sé si usas Linux o Windows) .. ahí puedes definir permisos para el "grupo", "el creador" ... y de lectura/escritura/ejecución (CHMOD y comandos afines según S.O. que uses).
Un saludo,