Es mejor ponerlos en un archivo por aparte, y en cada pagina (html, o el lenguaje q sea) poner el codigo <LINK REL....>, esto es porq si tienes el mismo estilo en todas las paginas, solo cambias 1 archivo y listo. Pero si tendrias <style type="text/css">.....</style> en cada pagina, y tienes alrededor de 40 paginas, tardarias demasiado y no acabarias de tanto que tienes q cambiar.