Tu problema tiene dos partes, la primera, recibir el upload de los archivos en el servidor web donde corre el script:
http://www.php.net/manual/es/features.file-upload.php
y la segunda, enviar cada archivo subido al servidor de FTP, para esto puedes utilizar CURL:
http://www.php.net/manual/es/ref.curl.php
o las funciones de FTP:
http://www.php.net/manual/es/ref.ftp.php
Saludos