Al sufrir apagones el Windows y los programas ejutandose pueden dañarse?

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Creo que todo depende del trabajo que esté realizando dicho programa al momento del apagón, aunque como te dice luismi, el apagón puede causar otras fallas en el hardware que podría hacer ver como afectado el rendimiento de un sólo programa cuando en realidad, lo que está afectando es algún componente del que depende dicho programa.

Por Ejemplo, si estás usando el Nero y andas quemando un cd y te ocurre un apagón, el CD se perderá y a lo mejor se dañe alguno de los archivos con los que trabaja el nero para grabar, si estás jugando algo muy pesado, puede ser que en realidad se te tire tres la RAM, y cuando vuelvas a jugar verás cantidad de errores los que te harán pensar que es el juego el que se dañó cuando no es así.