Hola
mtlahuizo! 
Lo que quieres lo puedes lograr con la función FORMAT, sería así la sintaxis:
Código PHP:
SELECT FORMAT(1234, 2) AS resultado;
Te daría como resultado una columna 'resultado' con un valor 1,234.00, el primer parametro es la cantidad y el segundo es el numero de decimales que se van a incluir.
Suerte!!!