Lo normal en estos casos es que:
1) te cambies de usuario a uno que tenga permisos para ejecutar los comandos necesarios para cambiar un archivo de propietario. Esto en Linux lo haces con Sudo (
http://www.courtesan.com/sudo/) por ejemplo .. ejecutado desde PHP con funciones como exec() (
www.php.net/exec)
2) Una vez con el usuario "root" o el que tenga permisos suficientes .. Ejecutas (otra vez vía exec()) los comandos necesarios para cambiar un archivo de propietario y así asignarle el que gustes (e incluso el grupo si corresponde). Esto en Linux lo haces con el comando: chown
A todo esto . .tendrás que tener permisos por parte de PHP (no usar modo seguro "Safe Mode") como para poder ejecutar las funciones del grupo exec() y afines.
Curiosidad: ¿para que quieres que tu archivo quede bajo X propietari?
Un saludo,