Bueno, pues creo que la unica y mas fiable forma de que una ventana no sea bloqueada por los anti popup es abrirla desde un enlace. Tal y como se describe en las FAQ's o sea asi:
Código HTML:
<a href="pagina.html" target="_blank" onClick="window.open(this.href,this.target,'width=800,height=600'); return false;">Abrir aplicacion</a>
Esta forma logra que la ventana no sea detectada como emergente, lo que impide que esta sea bloqueada.
Pues me quedare con esta forma de abrir la aplicacion, debe ser la que utilizan en el enlace que mencione.