Hay muchísimas distros GNU/Linux, es cierto, pero también es cierto que unas son derivaciones de otras, y éstas a su vez de otras, etcétera. En realidad no son tantas variedades. Así, a ojo de buen cubero, las más importantes en las que se basan el resto son sólo cinco o seis. Tienes Debian y sus muchisísimas variaciones (Ubuntu, Knoppix, LinEx...), RedHat y derivados (Fedora, CentOS, y ya algo más diferenciadas de RedHat pero herederas de la misma, Mandriva, Suse...), Slackware, Gentoo, y alguna otra más.
En el caso de Ubuntu/Kubuntu es mucho más simple de lo que parece. Si a una Ubuntu le añades KDE, tienes Kubuntu. Supone esto algún problema para alguien? No, ninguno. Los paquetes son los mismos, los repositorios son los mismos, el modo de funcionamiento es el mismo... Es como si en tu concesionario tuvieras un modelo de coche marca Ubuntu, y a éste le pudieras añadir como extra la pintura metalizada. Y en el concesionario de al lado tendrías coches marca Kubuntu, que serían exactamente iguales a Ubuntu, sólo que la pintura metalizada iría de serie.
Que haya muchas distribuciones es bueno, porque ello permite tener distintos sistemas para distintas necesidades. Toma como ejemplo el sistema operativo más difundido en PCs: MS Windows. Un solo sistema operativo para todo tipo de usuarios. Para tareas de ofimática? Toma WinXP. Para tareas de diseño? Toma WinXP. Para profesionales del sonido? Toma WinXP. Para usuarios avanzados? Toma WinXP. Para equipos poco potentes? Toma WinXP (y ten paciencia). Eso es el "café para todos". En GNU/Linux para cada necesidad tienes una alternativa específica optimizada, y si no la tienes, la puedes crear (distros para equipos desfasados, distros para TPV, distros optimizadas para la creación de audio...). A lo mejor puede ser un tanto intimidatorio para el usuario novel, pero creo que compensa. Al fin y al cabo, también hay distros optimizadas para usuarios noveles.