Se a lo que te refieres... Quieres que mientras se muestra el preloader, corra una animación...
Para esto, la animación no debe estar insertada en la línea de tiempo que corre el preloader. Si te fijas en este sitio:
http://www.rusoftware.tk es lo que me paso cuándo empecé con esto, esos "rotores azules" son clips que deben moverse, pero no lo hacen.
La solución, dejas el clip en la biblioteca y lo "attachas" mediante código, o mejor aún, haces que el preloader sea un CLIP INSERTADO, con esto, lo verás en el escenario, pero tendrá su propia timeline.
Un abrazo