Al usar "M" (mayúscula) estás tomando el mes en formato de texto corto (Jan, Feb, etc...) por lo tanto no coincide con el formato requerido de un campo DATE. Utiliza "m" (minúscula):
www.php.net/date
Otra cuestión es que, cuando manejes matricez te recomiendo concatenarlas para que uses comillas en los índices (son strings no constantes):
Código PHP:
$fecha=date('Y-m-d');
$sql = "INSERT INTO registro(numero,aclaracion,fecha) VALUES ('".$_POST['numero']."','".$_POST['aclaracion']."','$fecha')";
Aunque... repito
mejor valerse de SQL...