bueno, Eclipse esta destinado para cuando estas realizando proyectos, asi que lo primero que tienes que ahcer es crear un proeycto, por ejemplo "pruebas", cuando lo creas te va a pedir de que tipo sera tu proyecto, ahi tu le especificas, luego pues comienzas a crear tus paquetes y demas cosasque necesesites en tu proyecto.....
al principio se ve medio raro y complicado, pero ya veraz que es perfecto para grandes proyectos y sistemas ya que te organiza todo de una manera facil de encontrar ademas de la ayuda que te proporciona a la hora de pprogramar