Hola tycho
Pues si deseas hacer un instalador, tienes que añadir tambien el apache server para que corra la aplicación php.
Aqui tienes una herramiente que funciona bastante bien, puedes hacer correr toda tu aplicacion incluyendo la base de datos desde el CD.
La aplicación se llama WMServer Tools CD 1.0
http://www.wmcreation.it/index.php?action=wmservertools
Saludos!