Hola amigo.. dejame ver si entendi.. creo que que lo que quieres es hacer una consulta a la base de datos para verificar si un registro se repite mas de una vez cierto?... y en caso de que eso suceda mandar a imprimir una ventana de alerta hecha con javascript... bueno si eso es asi.. facilmente puedes integrar tus lineas de codigo javascript dentro del script de php.. algo asi:
Código PHP:
//Haces todo lo requerido para conectarte a la base de datos y ejecutar la consulta que te validará si el registro se repite o no en la base de datos, que me imagino que es seleccionar todos los registros cuyo campoavalidar sea igual a un valor "x" y despues me imagino que lanzas un mysql_num_rows para que cuente la cantidad de registros obtenidos de la consulta.
//Entonces luego de eso haces un if... que si el numero de registros es mayor que 2 por ejemplo... entonces mandas a ejecutar esto...
<?php
echo "<script>";
echo "alert('El registro se repite más de una vez en la base de datos');";
echo "</script>";
?>
//De lo contrario, si no se cumple la condicion anterior entonces mandas a ejecutar por ejemplo...
<?php
echo "<script>";
echo "alert('El registro no esta duplicado en la base de datos');";
echo "</script>";
?>
Bueno creo que es todo.. espero que te sirva.. luego nos cuentas que tal te fue...
Saludos..
Atte. Javier Ugalde