Raid-5 sobre windows 2003

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Primero necesitas definir que tipo de raid usas: software o hardware. Por hardware implica que tienes una tarjeta de RAID, y que puedes configurarla desde el BIOS (o meduante software, pero siempre disponible por BIOS).

Si es por software es que estas usando cosas del tipo de Windows Volumes o alguna otra herramienta menos conocida.

Si el RAID es por hardware no tienes porque deshacerlo, a menos que cambies eso de dejar un disco como spare (refacción). La computadora verá el RAID como una sola unidad, entonces puedes eliminar/crear particiones como en cualquier otro caso.

Si el raid es por software entonces la cosa cambia, pues tienes que apegarte a los procedimientos que marca el software que utilices.

Sobre el como dejar la 4a unidad es a "gusto del cliente", si quieres más seguridad deja el disco de spare, pero si prefieres el rendimiento (y reducir el desperdicio) mételo dentro del RAID activo a costa de reducir un poco la redundancia. Si respaldas con frecuencia (a cinta/cd/dvd) creo que dejar el raid sin spare será lo más óptimo.

RAID5 es costoso en cuanto a sobrecarga, pero es el precio de la reducción en desperdicio. Claro que es má óptimo RAID1 o RAID10, pero sabes que tienes un desperdicio alto. Dadas las condiciones de tu servidor no veo por que necesites ese poco rendimiento extra.