Es que en esa función hay un timer y varias cosas que no necesitás...Fijate que cada popup tiene un nombre de ventana, que es el segundo parámetro que le pasas, luego para cerrarlocon un link hacés
<a href="#" onclick="popup_nombre.close();window.open('mipag.h tml',nueva,'width=300')">
Espero que te sirva
Saludos