Problemas con Linux

[srabadie]

Ese repositorio que dices tener en /home/Downloads/debs está mal configurado, un repositorio apt no son sólo unos cuantos paquetes, te recomiendo que te ciñas a los repositorios de tu distribución.
Otra cosa que me llama la atención es que mezclas repositorios Debian con los de Xandros, no conozco Xandros, así que no sé si eso viene así por defecto, aunque la verdad, me extraña. Si los añadiste tú, te recomiendo que los borres ahora mismo, pues eso te traerá muchos problemas (como los que estás comentando). Asegúrate bien de lo que haces antes de añadir repositorios no oficiales a tu sources.list.
¡Ah! y otra cosa: apt-get update NO actualiza paquetes, actualiza la información de los repositorios, y el error que te da es porque ese file:/home/Downloads/debs NO es un repositorio. Así que ejecuta esa instrucción cuando quieras actualizar la información de los repositorios configurados, mi recomendación es que lo hagas a menudo, siempre que enciendas el ordenador (tampoco hace falta que lo hagas más de una vez al día).
Lo que actualiza los paquetes es apt-get dist-upgrade, no apt-get upgrade, ya que eso no actualiza las dependencias.
Otra cosa, creo que no tienes bien un concepto, utilizando apt, NO tienes que decargar a mano los paquetes (deb), el solito los descarga de los repositorios. Si alguna vez te encuentras en la situación de que quieres instalar un paquete que no se encuentra en los repositorios, descargalo a mano y ejecuta dpkg -i paquete.deb.

Saludos.