Hola:
Sería justamente al revés...
Tal como lo pones parece que escape es código php...
<a href="#"
onClick="window.open('downloadfile.phtml?down=1&co rrect=escape(<? echo $inputCorrect; ?>)&outFile='+document.forms[0].colorname.value, 'Colors', 'resizable=yes, scrollbars=no, width=100, height=100')"; class="StrongRed10Bold"> Download file</a>
Pruébalo y nos cuentas.
También puedes enviar un formulario a un popup usando el método get... luego puedes mirar la URL (en las opciones tendrías que poner directories=yes)
Saludos