Pues el asunto se SOAP la verdad no es un tema que maneje aun
Pero lo de los .war, solo debes verlo como un .jar pero para desplegar una aplicacion, veras tu debes construir tu aplicacion normalmente, entrea, que te funcione, luego cuando este lista, epaquetas toda esta dentro de un WAR y lo pones en el servidor que la kieras llevar y te funcionara.
Otra cosa, los Servlet si bien tendran extencion .java no te confundas pensando que debes poner el .java y se ejecutara como Servlet, debes antes compilarlo, y es el .class el que reconocera tu servidor.
Saludos