Bueno .. llegado este punto lo que realmente necesitas es "modelar" tu Base de datos .. tu "modelo de datos" en función de todos esos parámetros que vas a gestionar .. En principio se trataría sólo de tablas relacionadas en funcion de eso mismo; de la relación que guardan los datos entre ellos.
Te recomiendo ver y leer sobre Base de datos y sus diseños (SQL, Relaciones .. etc) en los manuales y tutoriales de:
www.mysql-hispano.com (diseño de BD orientado a su uso con Mysql).
El resto de dudas puedes consultarlas en el foro de Base de datos al cual procedo a mover tu pregunta por si requieres de más orientación al respecto.
Un saludo,