Nunca he usado ese emulador así que desconosco cual sea la razón de tu problema, pero te recomiendo que uses el VirtuaNES que es uno de los mejores.
Game Genie es un sistema para hacer cambios en los juegos en tu beneficio o en tu contra, como por ejemplo aumentar la velocidad o poner más vidas, etc.
www.gamegenie.com
En VirtuaNES para aplicar esos códigos debes escribirlos en el Bloc de Notas y guardarlos con la extensión .gen, y luego cargarlos con la opción "Game Genie", no sé sí con tu emulador sea igual
