Prueba a no dejar espacio entre <![CDATA[ y <cuerpo>, a mi me ha funcionado:
Código PHP:
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<pagina encabezado="Inicio" nombresecc=":: SECCIONES">
<caja>
<cuerpo><![CDATA[
hola hola hola
]]></cuerpo>
</caja>
</pagina>
En Opera Firefox y IE. He probao con poner espacios y creo que los demás da igual, pero entre CDATA y su etiqueta contenedora no puedes poner, tampoco se me ocurre la razón.
